ท่าเรือพาณิชย์เชียงแสน เป็นประตูการค้าระหว่างประเทศไทยกับประเทศในลุ่มแม่น้ำโขงตอนบนเพื่อส่งเสริมการขนส่งสินค้า ตามกรอบความร่วมมือทางเศรษฐกิจว่าด้วยการเดินเรือพาณิชย์ในแม่น้ำล้านช้าง- แม่น้ำโขง มีประเทศสมาชิกประกอบด้วย ประเทศไทย สป.จีน สหภาพเมียนมา สปป.ลาว ซึ่งเริ่มต้นขึ้นในปี พ.ศ. 2537 เป็นต้นมา

                   พ.ศ. 2546 – กรมการขนส่ง ทางน้ำและพาณิชยนาวี (กรมเจ้าท่าในปัจจุบัน) ได้ดำเนินการก่อสร้างท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1 ขึ้นมา แล้วเสร็จเมื่อ พ.ศ. 2546 โดยมีที่ตั้งอยู่บริเวณริมแม่น้ำโขง หมู่ 6 ตำบลเวียง อำเภอเชียงแสน จังหวัดเชียงราย ที่ตั้งของท่าเรือเชียงแสน 1 นี้ อยู่ในตัวอำเภอเชียงแสน และมีโบราณสถานซึ่งกรมศิลปากรขึ้นบัญชีไว้ใกล้บริเวณท่าเรือ เช่น กำแพงเมืองเก่า วัดเก่าและเจดีย์เก่า เมื่อก่อสร้างแล้วเสร็จคณะรัฐมนตรี มีมติเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2546 ให้การท่าเรือแห่งประเทศไทย (กทท.) เป็น ผู้บริหารประกอบการท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1 โดย กทท. ได้เข้าไปบริหารจัดการท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1 เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2546 ซึ่งช่วงแรกท่าเรือเชียงแสนใช้เป็นท่าเรือเอนกประสงค์ให้บริการทั้งเรือสินค้า เรือท่องเที่ยว และเรือโดยสาร เรือที่เข้ามาใช้บริการมีทั้งเรือสัญชาติไทยและเรือของประเทศเพื่อนบ้าน

                                       ต่อมากิจการของท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1 เติบโตขึ้นเป็นลำดับ มีเรือสินค้าเข้ามาใช้บริการจำนวนมาก ทำให้มีรถบรรทุกเข้า – ออก เพื่อมารับขนสินค้าภายในท่าเรือเชียงแสนจำนวนมากโดยกรมศิลปากรเกรงว่าโบราณสถานจะเกิดอันตราย กรมเจ้าท่าจึงได้มีแนวคิดที่จะสร้างท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 2 ขึ้นมาใหม่

                   พ.ศ. 2550 – คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2550 เห็นชอบและอนุมัติในหลักการดำเนินการก่อสร้างท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 2 ณ จังหวัดเชียงราย ในวงเงิน 1,546.40 ล้านบาท ระยะเวลาดำเนินการปี พ.ศ. 2552 - 2554

                   พ.ศ. 2554 – คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2554 ให้ กทท. เป็นผู้บริหารท่าเรือ เชียงแสน แห่งที่ 2 และกำหนดให้เป็นท่าเรือพาณิชย์สำหรับให้บริการเรือสินค้าและเรือโดยสาร ส่วนท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1 กำหนดให้เป็นท่าเรือท่องเที่ยวโดยสาร และให้ ททท. เป็นผู้บริหารท่าเรือแสน แห่งที่ 1   ซึ่งต่อมา ททท. แจ้งว่าไม่มีความพร้อมในการบริหารท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1  กรมเจ้าท่าจึงได้จัดการประชุมเพื่อพิจารณาผู้บริหารท่าเรือ เมื่อวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2554 และมีมติให้เทศบาลตำบลเวียงเชียงแสน เป็นผู้บริหารจัดการท่าเรือเชียงแสน แห่งที่ 1

                                         ท่าเรือเชียงแสนแห่งที่ 2 (ท่าเรือพาณิชย์เชียงแสน) มีที่ตั้งอยู่บริเวณบ้านสบกก เลขที่ 888 หมู่ 10 บ้านสันทรายกองงาม ตำบลบ้านแซว อำเภอเชียงแสน จังหวัดเชียงราย ห่างจากท่าเรือเชียงแสนแห่งที่ 1 ลงมาทางทิศใต้ เป็นระยะทางทางน้ำประมาณ 5 กิโลเมตร และทางบกประมาณ 11 กิโลเมตร ก่อสร้างแล้วเสร็จและให้บริการเมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2555